三个月宝宝干咳干呕可能由多种原因引起。比如，可能是生理因素导致，也可能是环境因素或疾病因素等。
一、生理因素方面
吞咽功能不完善： 三个月宝宝的吞咽功能还没有发育完全成熟，唾液分泌后不能很好地吞咽下去，就可能会出现干呕的情况，同时可能伴随偶尔的干咳。这种情况比较常见，随着宝宝月龄增长，吞咽功能逐渐完善，症状会慢慢改善。胃食管反流： 三个月宝宝的胃呈水平位，食管下括约肌发育不成熟，容易出现胃食管反流现象。当胃内容物反流刺激咽喉部时，就可能引起干咳，同时也可能伴有干呕。一般在宝宝吃奶后比较明显，通常宝宝1岁左右胃食管反流的情况会逐渐减轻。
二、环境因素方面
空气干燥： 如果室内空气过于干燥，湿度较低，就可能刺激宝宝的呼吸道和咽喉，导致宝宝出现干咳，同时干燥的环境也可能影响宝宝的胃肠道，引起干呕。建议保持室内湿度在50% - 60%左右，可以使用加湿器来调节空气湿度。刺激性气味： 家中如果有刺激性的气味，比如香水味、油烟味等，也可能刺激宝宝的呼吸道和咽喉，引发干咳，同时可能伴随干呕。所以要尽量保持室内空气清新，避免让宝宝接触刺激性气味。
三、疾病因素方面
上呼吸道感染早期： 上呼吸道感染初期可能先出现干咳症状，之后可能会出现干呕等情况。一般还可能伴有轻微的鼻塞、流涕等症状。如果是病毒感染引起的上呼吸道感染，通常具有自限性，一般7 - 10天可恢复，但如果症状加重，需及时就医。过敏因素： 如果宝宝是过敏体质，接触到过敏原，如花粉、尘螨等，也可能出现干咳干呕的情况。同时可能还会伴有皮肤瘙痒、皮疹等过敏表现。需要尽量避免宝宝接触过敏原，如保持室内清洁，勤换床单被罩等。