确诊伤寒最可靠的依据是从患者的血液、骨髓、粪便、尿液等标本中分离出伤寒沙门菌。一般来说，骨髓培养阳性率较高，可达90%左右，而且阳性出现时间早，受抗菌药物影响较小。
血液培养方面
血液培养时机： 通常在病程第1周时，血液中伤寒沙门菌的检出率较高。在患者发热初期，也就是体温处于38℃左右时进行血液培养，能提高阳性检出率。一般来说，病程1 - 2周内，血培养阳性率可达80% - 90%。血液培养特点： 血液培养是比较常用的检测方法，但存在一定局限性，比如病程后期阳性率会逐渐降低。而且如果患者在发病前已经用过抗菌药物，可能会影响血培养的结果。
骨髓培养特点
骨髓培养优势： 骨髓中巨噬细胞吞噬伤寒沙门菌后，细菌在其中繁殖，所以骨髓培养阳性率比血液培养更高，可达90%以上。并且，即使患者已经用过抗菌药物，骨髓中仍可能存在伤寒沙门菌，所以对于用过抗菌药物后血培养阴性的患者，更适合做骨髓培养来确诊。骨髓培养操作： 骨髓培养需要进行骨髓穿刺，相对血液培养来说操作稍复杂，但诊断价值更高。
粪便培养情况
粪便培养时间： 在病程第2 - 3周时，粪便培养阳性率逐渐升高，到病程第3 - 4周时，阳性率可达70%左右。粪便培养意义： 粪便培养阳性提示大便排菌，说明肠道有伤寒沙门菌存在，对诊断伤寒有重要意义。不过，粪便培养可能会受到肠道其他细菌的干扰，需要结合临床症状综合判断。
尿液培养状况
尿液培养时机： 尿液培养阳性率相对较低，通常在病程后期，也就是患者病程第3 - 4周时，尿液中才可能培养出伤寒沙门菌。尿液培养特点： 尿液培养阳性提示泌尿系统有伤寒沙门菌，可能是因为伤寒沙门菌随尿液排出，但单独尿液培养阳性诊断伤寒需要谨慎，一般需要结合其他标本的培养结果来综合判断。