夜里肛门疼痛疼醒，可能与以下原因有关：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。疼痛多剧烈，有典型的周期性，即排便时疼痛，便后数分钟疼痛缓解，随后又出现肛门括约肌痉挛性疼痛，可持续数小时。
2.肛周脓肿：是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。脓肿形成时，患者感肛门疼痛，疼痛为持续性，逐渐加重，坐立不安，行走不便，有时还会伴有寒战、发热、食欲不振等全身症状。
3.血栓性外痔：肛门缘皮下静脉破裂，血液淤积皮下形成圆形血肿，中医称为“血痔”。肛门部突然剧烈疼痛，并出现一肿物，这是由于排便时用力过猛，或剧烈运动后，致痔内静脉丛破裂出血和血栓形成。
4.肛管直肠恶性肿瘤：肛管直肠恶性肿瘤溃烂感染，或肛管皮肤损伤感染，也会导致肛门疼痛。
5.其他：肛窦炎、肛乳头炎、内痔嵌顿、外痔水肿、肛管直肠癌等，也会引起肛门疼痛。
总之，引起肛门疼痛的原因较多，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。