夜里肛门疼痛疼醒可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。初期肛裂仅在肛管皮肤上有小溃疡，数日后可愈合。陈旧性肛裂裂口较深，边缘增厚，基底紫红色，有哨兵痔和肛乳头肥大等并发症。可外用硝酸甘油软膏等药物缓解疼痛，同时调整饮食和生活习惯，保持大便通畅。若症状持续不缓解或加重，建议就医进行肛裂切除术等治疗。
2.肛周脓肿：是指肛门周围软组织发生的急性化脓性感染，并形成脓肿。主要症状是肛周持续性剧痛，受压或咳嗽时加重，行走不便，坐卧不安，全身感染症状不明显。可使用抗生素控制感染，形成脓肿后需及时切开引流。
3.血栓性外痔：肛门缘皮下静脉破裂，血液淤积皮下形成血栓，伴有剧痛。可外用痔疮膏或栓剂，口服迈之灵等药物，促进血栓吸收。也可在局麻下行血栓外痔剥离术。
4.肛管直肠癌：肛管直肠癌破溃感染，也会导致肛门疼痛。常伴有大便习惯改变、脓血便、里急后重等症状。肛管直肠癌引起的疼痛多呈持续性，伴有进行性加重。需要进行肛门指诊、结肠镜等检查，以明确诊断。早期肛管直肠癌可通过手术治疗，中晚期需综合治疗，包括放疗、化疗等。
5.其他：肛管或直肠的其他疾病，如肛窦炎、直肠炎、肛乳头炎等，也可能引起肛门疼痛。
如果夜里肛门疼痛疼醒，建议及时就医，明确诊断，并根据具体情况进行相应的治疗。同时，要注意保持肛门局部清洁，避免久坐、久站，多吃蔬菜水果，保持大便通畅。