甲钴胺和维生素B12都是临床常用的药物，都属于维生素类药物，但区别还是很大的。
甲钴胺是一种内源性的辅酶B12，存在于血液、髓液中，与维生素B12相比，其对神经元的传导有良好的改善作用，可通过甲基转换反应促进核酸-蛋白-脂肪代谢，其作为甲硫氨酸合成酶的辅酶，可使高半胱氨酸转化为甲硫氨酸，参与转送甲基，促进核酸、蛋白质、脂质代谢，修复被损伤的神经组织。主要用于治疗周围神经病。
维生素B12又叫钴胺素，是唯一含金属元素的维生素，在体内转化为甲基钴胺和辅酶B12后，才具有活性，在血中停留时间短，需反复给药。维生素B12缺乏时，可致甲基丙二酸排泄增加和神经障碍，主要用于治疗巨幼细胞贫血和神经系统疾病。
由此可见，虽然甲钴胺和维生素B12都对贫血和神经系统有一定的作用，但甲钴胺是维生素B12的衍生物，且作用机制和临床应用有一定的区别。