肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，中医也称之为“肛漏”。大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈性，引起反复发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。
1.感染：大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
2.损伤：肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道也可因肛裂发生，而肛管损伤、直肠损伤多为引起肛裂的原因，所以也为肛瘘形成原因之一。
3.其他：结核、克隆病、溃疡性结肠炎等特异性炎症、恶性肿瘤、肛管外伤感染也可导致肛瘘。