肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。其主要病因有以下几点：
1.感染：肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后形成肛瘘。
2.直肠肛门损伤：外伤、吞咽金属异物、会阴因分娩受伤，或肛管直肠部位的手术等，都可导致肛管直肠损伤，细菌可由此侵入，引起肛瘘。
3.会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可引发肛瘘。
4.结核：吞咽结核菌可引起溃疡性结肠炎，并发肉芽肿样脓肿，与肛瘘相似。
5.克罗恩病：与肛瘘并存的病例不少见。
6.其他：恶性肿瘤、肛管外伤、白血病、性病、溃疡性大肠炎、克隆氏病等也可引起肛瘘。
肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此，一旦确诊肛瘘，应及时手术治疗。