中性粒细胞减少的原因有多种。其中，血液系统疾病是常见原因之一，像再生障碍性贫血，它会影响骨髓造血功能，导致中性粒细胞生成减少；还有急性白血病，异常的白血病细胞在骨髓内大量增殖，抑制了正常造血干细胞的功能，使得中性粒细胞产生不足。
感染因素导致
病毒感染： 某些病毒感染会引起中性粒细胞减少，例如流感病毒感染，研究发现部分流感患者发病后会出现中性粒细胞计数下降的情况。细菌感染： 严重的细菌感染，如伤寒杆菌感染，可导致中性粒细胞减少，这是因为细菌产生的毒素等物质会影响骨髓中中性粒细胞的生成和释放。
药物因素引发
抗肿瘤药物： 很多抗肿瘤的化学药物在抑制肿瘤细胞生长的同时，也会对正常的骨髓造血细胞产生抑制作用，像环磷酰胺，使用后可能会引起中性粒细胞减少。抗菌药物： 一些抗菌药物也可能导致中性粒细胞减少，比如氯霉素，长期或大量使用氯霉素可能会抑制骨髓造血，使得中性粒细胞生成减少。
自身免疫性疾病所致
系统性红斑狼疮： 这是一种自身免疫性疾病，患者体内的自身抗体不仅会攻击自身的组织器官，还可能影响骨髓的造血功能，导致中性粒细胞减少。患者体内存在多种自身抗体，如抗核抗体等，这些抗体参与了对中性粒细胞生成等过程的干扰。类风湿关节炎： 部分类风湿关节炎患者也会出现中性粒细胞减少的情况，其发病机制与自身免疫反应导致的骨髓造血微环境改变有关，使得中性粒细胞的生成受到影响。