菌阴肺结核是指三次痰涂片及一次培养阴性的肺结核，是肺结核中的一种特殊类型。其诊断标准如下：
1.典型肺结核临床症状和胸部X线表现。
2.抗结核治疗有效。
3.临床可排除其他非结核性肺部疾患。
4.两次痰涂片及一次培养阴性（涂片抗酸杆菌检查阴性，培养阴性或可疑阳性）。
5.胸部X线表现不能确诊为肺结核者，可进行诊断性抗结核治疗或随访观察。
6.支气管镜检查有助于发现支气管内结核病变。
7.结核菌素（PPD）皮肤试验：强阳性者有助于诊断。
8.血清抗结核抗体阳性有助于诊断。
9.胸腔积液检查：腺苷脱氨酶（ADA）活性升高、胸腔积液中检出抗酸杆菌或培养阳性有助于诊断。
10.胸部CT检查：有助于发现胸部隐匿部位的病变，有助于诊断。
11.肺活检：经支气管镜肺活检（TBLB）、经皮肺穿刺活检或胸腔镜肺活检有助于诊断。
菌阴肺结核的治疗与其他肺结核相同，一般采用化疗方案，常用的药物有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。治疗期间应遵医嘱按时服药，定期复查，注意休息，加强营养，避免劳累和感染。