来月经时肚子疼（痛经）的原因主要有以下几点：
前列腺素水平升高：前列腺素含量升高可能导致子宫平滑肌过强收缩，血管挛缩，造成子宫缺血、乏氧状态，进而引起痛经。
精神、神经因素：部分痛经患者可能对疼痛过分敏感，精神、神经因素也可能参与痛经的发生。
其他：原发性痛经可能与子宫发育不良、子宫颈口或子宫颈管狭窄、子宫位置过度屈曲等因素有关；子宫内膜异位症、盆腔炎等疾病也可能导致痛经。
需要注意的是，痛经分为原发性痛经和继发性痛经。青春期少女大多为原发性痛经，婚后或生育后痛经多可自愈。如果婚后痛经不愈，就要警惕继发性痛经的可能。继发性痛经多由生殖器官发生器质性病变所致，常见原因有子宫内膜异位症、慢性盆腔炎、子宫腺肌病等。
对于痛经患者，尤其是青春期少女及有性生活的已婚妇女，需及时就医，明确病因，积极治疗，以免影响生活和工作。