甲钴胺和维生素B12都属于营养神经药物，都可用于治疗周围神经病，但两者在成分、功效、适应证、不良反应等方面均有不同，不能简单地进行比较。
甲钴胺是一种内源性的辅酶B12，存在于血液、髓液中，与维生素B12相比，其对神经元的传导有良好的改善作用，可通过甲基转换反应促进核酸-蛋白-脂肪的代谢，其副作用较维生素B12小。主要用于治疗周围神经病，各种神经炎神经痛，自律性神经障碍等。对甲钴胺或处方中任何辅料过敏者禁用。从事汞及其化合物的工作人员，不宜长期大量服用该药。需要注意的是，该药为处方药，需要在医生的指导下使用。
维生素B12是一种水溶性维生素，在蛋白质、脂肪和碳水化合物的代谢中起着重要作用。维生素B12缺乏时，可导致恶性贫血，神经系统损害。维生素B12通常用于治疗巨幼细胞性贫血，也可用于神经炎的辅助治疗。维生素B12肌内注射可能会引起过敏反应，甚至过敏性休克，故首次使用时需注意观察。另外，维生素B12也有一定的副作用，如可引起低血钾及高尿酸血症等，故使用期间应注意监测血钾、血尿酸水平。
总之，甲钴胺和维生素B12虽然都对神经系统有益，但在具体应用时，需要根据患者的具体情况选择合适的药物，并在医生的指导下使用。同时，应注意药物的不良反应，避免滥用药物。