3个月宝宝流鼻涕咳嗽，可能是普通感冒、过敏性鼻炎、上呼吸道感染、肺炎等原因引起的。可以通过以下方式进行治疗，建议及时就医。
具体分析如下：
1.普通感冒：由病毒感染引起，具有自限性。如果宝宝症状不严重，没有其他不适，可以先观察，适当补充水分，保持室内空气流通。如果症状持续加重或出现发热、呼吸急促等异常，应及时就医。
2.过敏性鼻炎：如果宝宝有过敏体质，接触过敏原后可能会出现流鼻涕、咳嗽等症状。应避免接触过敏原，如花粉、尘螨等。同时，可以使用生理盐水滴鼻或喷鼻，缓解症状。如果症状严重，应在医生的指导下使用抗过敏药物。
3.上呼吸道感染：由病毒或细菌感染引起，可伴有流涕、咳嗽、发热等症状。如果宝宝症状不严重，可以先观察，保持室内空气流通，适当补充水分。如果症状持续加重或出现发热、呼吸急促等异常，应及时就医。医生可能会根据病情给予抗病毒或抗生素治疗。
4.肺炎：肺炎是一种严重的疾病，可导致宝宝出现咳嗽、流涕、发热、呼吸急促等症状。如果宝宝出现这些症状，应及时就医，进行详细的检查，如血常规、胸片等，以明确诊断。医生可能会根据病情给予抗生素治疗，必要时可能需要住院治疗。
患者在治疗期间需要注意以下几点：
1.保持室内空气流通，避免烟尘等刺激。
2.适当补充水分，保持呼吸道湿润。
3.注意宝宝的体温变化，及时调整衣物。
4.避免带宝宝去人员密集的场所，防止交叉感染。
5.按照医生的建议使用药物，不要自行增减药量。
宝宝的病情变化较快，如果家长对宝宝的症状感到担忧或不确定，应及时就医，以便获得更专业的建议和治疗。同时，家长应密切观察宝宝的病情变化，如有异常应及时告知医生。