早上起床两个肾疼，可能是以下原因引起：
1.过度劳累：如果前一天进行了剧烈运动或重体力劳动，可能会导致腰部肌肉劳损，从而引起疼痛。建议多休息，避免过度劳累，一般症状会逐渐缓解。
2.泌尿系统感染：如肾盂肾炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致腰部疼痛。还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。可遵医嘱使用抗生素进行治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。
3.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，结石移动可引起肾区疼痛，常伴有血尿。较小的结石可通过多喝水、多运动自行排出，较大的结石需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
4.腰椎间盘突出：突出的椎间盘可能压迫神经根，导致腰部疼痛，并可放射至腿部。可采取牵引、按摩、针灸等方法治疗，严重者需手术治疗。
5.其他：肾脏肿瘤、肾积水等也可能导致肾区疼痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、血常规、超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。此外，平时要注意保暖，避免腰部受寒；保持良好的坐姿和站姿；多喝水，勤排尿，有助于预防泌尿系统感染。