每天早上起来肾疼的原因主要有以下几种可能：一是肾脏存在炎症，二是患有肾脏结石，三是腰肌劳损。
一、肾脏存在炎症：当肾脏有炎症时，在炎症的持续刺激下，肾脏就可能出现疼痛的情况。部分病情较为严重的患者，还可能伴有血尿或者泡沫尿等表现。炎症的产生可能源于多种因素，比如感染等，这些因素会导致肾脏的正常结构和功能受到影响，从而引发疼痛等一系列症状。
二、肾脏结石：如果肾脏内有结石存在，早上起来活动后，有可能导致肾结石发生移动。随着肾结石的移动，肾脏就可能有疼痛感觉。而且如果移动的幅度较大，那么这种疼痛感可能会比较剧烈。肾结石的形成通常与饮食习惯、水分摄入不足、代谢异常等因素有关。
三、腰肌劳损：倘若近期白天频繁进行重体力劳动，早上起来腰部可能会出现酸困疼痛的现象，而有些患者可能会误将这种腰部的疼痛当作肾区疼痛。实际上，这是由于腰肌过度劳累而产生的不适，与肾脏本身的问题并无直接关联。
总之，早上起来肾疼可能是多种情况导致的，需要结合具体症状和相关检查来明确原因，并采取相应的治疗措施。