早上醒来眼睛又肿又痛，可能与以下原因有关：
1.麦粒肿：也叫睑腺炎，是眼睑腺体的一种急性化脓性炎症。通常是由于金黄色葡萄球菌感染引起的，可表现为眼睑红肿、疼痛、触痛等症状。麦粒肿初期可以局部热敷，使用抗生素眼药水和眼膏治疗，如妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏等。如果脓肿形成，需要及时切开排脓。
2.睑板腺囊肿：是睑板腺特发性无菌性慢性肉芽肿性炎症，可能与睑板腺分泌功能旺盛、脂质分泌物潴留有关。可表现为眼睑皮下圆形肿块，无疼痛，与皮肤无粘连。小的睑板腺囊肿可以自行吸收，无需治疗。如果囊肿较大，可以通过热敷、按摩等方法促进其吸收。如果囊肿长期不消退或逐渐增大，需要手术治疗。
3.过敏：如果接触到过敏原，如花粉、尘螨、动物毛发等，可能会引起过敏反应，导致眼睛红肿、疼痛、瘙痒等症状。可以使用抗过敏药物治疗，如氯雷他定、西替利嗪等。同时，要避免接触过敏原。
4.眼部感染：如结膜炎、角膜炎等，也可能导致眼睛红肿、疼痛、分泌物增多等症状。需要根据感染的病原体选择合适的抗生素或抗病毒药物治疗，如左氧氟沙星滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等。
5.其他：如外伤、蚊虫叮咬、肾脏疾病、心脏疾病等，也可能引起眼睛红肿、疼痛。
如果眼睛肿痛症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因，进行针对性治疗。同时，要注意眼部卫生，避免揉眼，保持充足的睡眠，避免用眼过度。