三个月宝宝睡觉爱摇头，可能有以下原因：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，会出现摇头的情况，这是一种正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.湿疹：宝宝的头皮如果有湿疹，会出现瘙痒的症状，宝宝会通过摇头来缓解瘙痒。家长可以检查宝宝的头皮是否有湿疹，如果有湿疹，可以给宝宝涂抹湿疹膏。
3.缺钙：宝宝缺钙会出现多汗、烦躁、摇头等症状，家长可以带宝宝去医院检查微量元素，如果缺钙，可以给宝宝补充钙剂和维生素D。
4.耳部疾病：宝宝的耳部如果有炎症，会出现疼痛的症状，宝宝会通过摇头来缓解疼痛。家长可以检查宝宝的耳部是否有红肿、分泌物等，如果有耳部疾病，需要及时就医。
5.其他：宝宝如果有头皮瘙痒、鼻塞、消化不良等情况，也会出现睡觉爱摇头的症状。家长需要注意观察宝宝的情况，找出原因，对症处理。