三个月宝宝睡觉爱摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，会出现摇头的情况，通常还会伴有左右摆头、小脸憋得通红等，这是一种正常的生理现象，一般不需要特殊处理，会随着宝宝的生长发育逐渐消失。
2.皮肤瘙痒：宝宝的皮肤娇嫩，如果出汗较多、没有及时清洁、穿的衣物过多等，会导致皮肤瘙痒，从而出现睡觉爱摇头的情况。家长可以及时给宝宝清洁皮肤、更换衣物，保持皮肤清洁、干燥。
3.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增高，从而出现多汗、摇头、烦躁、睡眠不安等症状。家长可以带宝宝到医院进行检查，如确诊为维生素D缺乏性佝偻病，需要在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
4.湿疹：宝宝的皮肤比较敏感，如果接触过敏原、受到外界刺激等，会导致皮肤出现湿疹，从而引起瘙痒，出现睡觉爱摇头的情况。家长可以带宝宝到医院进行检查，如确诊为湿疹，需要在医生的指导下使用药物进行治疗。
5.中耳炎：宝宝的咽鼓管比较短、宽、平直，位置也比较低，容易导致细菌通过咽鼓管进入中耳，引起中耳炎。中耳炎会导致宝宝耳部疼痛，从而出现睡觉爱摇头的情况。家长可以带宝宝到医院进行检查，如确诊为中耳炎，需要在医生的指导下使用药物进行治疗。
如果宝宝睡觉爱摇头的情况比较严重，或者伴有其他症状，建议及时带宝宝到医院就诊，明确原因后进行针对性治疗。