怀孕三个月肚子右侧疼的厉害可能是以下原因引起：
1.生理性腹痛：怀孕三个月时，子宫增大，同时子宫圆韧带被牵拉，很多孕妇都会感觉有些腹痛。这种疼痛，部位多位于下腹部子宫一侧或双侧，呈牵涉痛、钝痛或隐痛，走较远的路或者变换体位时，疼痛会变得更明显。此外，怀孕后子宫变大，子宫韧带受牵扯而引起的肚子右侧疼，如果疼痛程度较严重，或者疼痛时间较长，同时伴有出血的话，一定要尽早就诊。
2.病理性腹痛：
胎盘早剥：多发生在孕晚期，孕妇可能有妊娠高血压综合征、慢性高血压病、腹部外伤。下腹部撕裂样疼痛是典型症状，多伴有阴道流血。腹痛的程度受早剥面积的大小、血量多少以及子宫内部压力的高低和子宫肌层是否破损等综合因素的影响，严重者腹痛难忍、腹部变硬、胎动消失甚至休克等。所以在孕晚期，患有高血压的孕妇或腹部受到外伤时，应及时到医院就诊，以防出现意外。
早产或子宫先兆破裂：怀孕中期以后，由于增大的子宫开始下降，另外，胎头下降使骨盆受到的压力增加，孕妇常常会感觉肚子往下掉，背都伸不直。如果是正常的子宫收缩痛，孕妇不用担心，没有什么大问题，但如果伴有出血或腹痛，应及时就医。
子宫肌瘤：子宫肌瘤可能在怀孕期间长大，对怀孕的影响包括肌瘤变性坏死、肌瘤扭转及直接干扰胎儿发育或阻碍生产等。这种疼痛通常来得突然，且痛点固定不动，属于局部疼痛。
卵巢肿瘤：怀孕期间，因卵巢肿瘤而导致的并发症也相当常见，其中以肿瘤扭转最危险。肿瘤扭转时会产生疼痛，通常发生在单侧下腹部，同时伴有恶心、呕吐及呼吸困难。
如果怀孕三个月肚子右侧疼的厉害，建议及时就医，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用辛辣、刺激性食物。