大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状为肛门疼痛、便血和便秘。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可变大，一般无疼痛，仅有坠胀感，如有发炎等情况，则感觉疼痛。
3.肛管炎：长期的粪便刺激和不良的排便习惯等引起的肛管部位的炎症，也会导致肛门疼痛。
4.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成，其主要症状是疼痛、肿胀和发热。
5.内痔嵌顿：多因大便干燥，排便用力过猛，痔核脱出未及时送回，时间一长，局部静脉回流受阻，因而发炎肿胀，疼痛明显。
6.其他：肛门直肠神经官能症、阴部神经症候群、骶尾部肿瘤、直肠及肛管癌肿、血栓性外痔、肛门损伤、肛门周围皮肤化脓性感染等，也会导致肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的情况，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，多吃蔬菜水果，多饮水，养成良好的排便习惯，避免久坐久站。