大便时肛门痛的原因可能有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，多由便秘引起，典型症状是肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。治疗肛裂可使用硝酸甘油软膏、康复新液等药物，还可以通过坐浴来缓解症状。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，大便时可因摩擦而引起疼痛。如果发生血栓性外痔，会出现肛门剧痛。治疗外痔可使用马应龙麝香痔疮膏、肛泰软膏等药物，必要时需手术治疗。
3.肛管或直肠炎症：如肛窦炎、直肠炎等，也会导致肛门疼痛。此外，克罗恩病、溃疡性结肠炎等炎症性肠病也可能累及肛管，引起疼痛。治疗炎症性肠病需要使用氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等药物。
4.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤，如直肠癌、肛管癌等，也会引起肛门疼痛。这类疼痛常呈持续性，并逐渐加重。除了肛门疼痛，还可能伴有大便习惯改变、便血、消瘦等症状。肛管或直肠肿瘤的诊断需要依靠病理检查，治疗方法包括手术、放疗、化疗等。
5.肛门异物损伤：如鱼刺、鸡骨等异物，在排便时可能损伤肛管皮肤，引起疼痛。此外，肛裂或痔疮等肛门疾病患者，在排便时因用力过猛，也可能导致肛门损伤，引起疼痛。肛门异物损伤一般通过取出异物、清创等处理来缓解疼痛。
如果出现大便时肛门痛的症状，建议及时就医，明确病因，以便采取相应的治疗措施。此外，在日常生活中，应注意保持肛门清洁，多吃蔬菜水果，多饮水，避免久坐久站，养成良好的排便习惯，有助于预防肛门疾病的发生。