大便时肛门疼可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开后形成的感染性溃疡，好发于肛管后正中部位。典型表现为肛门疼痛、便秘和出血。肛门视诊可发现肛裂“三联征”，即肛裂、前哨痔和肛乳头肥大。
2.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色青紫，便后可自行缩回或用手还纳，伴有肛门坠胀或异物感。
3.内痔：以便血、脱出为主要症状，多为无痛软性肿块。内痔发展到三期以上多形成混合痔，内痔和外痔的症状可同时存在。
4.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤，随着肿瘤的不断生长，会对局部组织造成浸润和压迫，从而引起疼痛。
5.其他：肛门周围脓肿、肛窦炎、直肠炎等也可能导致肛门疼痛。
如果出现大便时肛门疼的症状，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，在日常生活中，应保持良好的饮食习惯，多吃蔬菜、水果等富含膳食纤维的食物，避免辛辣刺激性食物，养成良好的排便习惯，保持肛门清洁。