如果自体脂肪填充苹果肌后太大了，可以采取以下方法进行处理：
1.等待恢复：自体脂肪填充后需要一定的时间来恢复，通常在1-3个月左右，肿胀会逐渐消退，大小也会有所改善。在等待恢复的过程中，可以注意观察，避免过度焦虑。
2.按摩：适当的按摩可以帮助促进脂肪的吸收和分布，但要注意按摩的力度和方法，避免过度刺激。
3.采取热敷：热敷可以促进血液循环，帮助脂肪更快地吸收和代谢，但要注意温度不宜过高，避免烫伤皮肤。
4.考虑修复手术：如果以上方法效果不理想，或者对外观影响较大，可以考虑进行修复手术。修复手术的方法包括抽脂、再次填充等，需要在专业医生的指导下进行。
需要注意的是，每个人的情况不同，处理方法也会有所差异。在进行任何处理之前，最好咨询专业医生的意见，根据个人情况制定合适的治疗方案。同时，在进行自体脂肪填充手术时，应该选择正规的医疗机构和经验丰富的医生，以降低风险并确保手术效果。