肛门两侧长小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹或其他疾病，需要就医检查明确诊断，采取相应治疗措施。
肛门两侧长小疙瘩可能是多种疾病的症状，以下是一些可能的原因和建议：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。肛门周围的小疙瘩通常呈乳头状、菜花状或鸡冠状，质地柔软，易出血。治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、外用药物（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和免疫调节剂（如干扰素等）。同时，应注意个人卫生，避免不洁性行为。
2.扁平湿疣：是二期梅毒的皮肤损害之一，多发生于肛周、外生殖器等部位。扁平湿疣呈扁平状，表面湿润，边缘清楚，不痛不痒。梅毒螺旋体检查和梅毒血清学试验有助于诊断。治疗方法主要是使用青霉素进行驱梅治疗。
3.肛门湿疹：是一种常见的肛门皮肤病，主要表现为肛门周围皮肤的红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等。肛门湿疹的原因复杂，可能与过敏、感染、局部刺激、精神因素等有关。治疗方法包括保持局部清洁、干燥，避免搔抓，外用糖皮质激素乳膏、氧化锌软膏等。同时，应注意寻找和避免过敏原，调整饮食，避免精神紧张。
4.其他：肛门两侧长小疙瘩还可能是其他疾病的表现，如传染性软疣、皮脂腺异位症、脂肪瘤等。
如果发现肛门两侧长小疙瘩，建议及时就医，进行相关检查，明确诊断，并根据具体情况选择合适的治疗方法。同时，应注意个人卫生，避免搔抓和感染。