肛门两侧长小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹或外痔等原因引起，也可能有其他原因。具体情况需就医检查，明确诊断后采取相应治疗。治疗同时要注意保持局部清洁，避免搔抓和刺激。
肛门两侧长很多小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣
2.扁平湿疣
3.肛门湿疹
4.外痔
以下是针对这些情况的具体分析：
1.尖锐湿疣：
由人乳头瘤病毒（HPV）感染肛门周围皮肤黏膜引起。
主要表现为肛门周围出现菜花状、鸡冠状或乳头状赘生物，表面凹凸不平，质地柔软，易出血。
通常通过性传播，也可通过间接接触患者的污染物感染。
治疗方法包括物理治疗（如冷冻、激光、电灼等）、药物治疗（如咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等）和免疫调节剂治疗等。
定期随访和复查是治疗的重要环节，以确保疣体完全清除，防止复发。
2.扁平湿疣：
是二期梅毒的皮肤损害表现之一。
主要发生在肛门周围，也可累及外生殖器、臀部、脐窝、腋窝、乳房下等部位。
表现为扁平的丘疹或斑块，表面湿润，呈暗红色或铜红色，可有少量鳞屑。
患者通常有不洁性接触史或梅毒感染史。
诊断需要结合病史、临床表现和实验室检查（如梅毒血清学试验）。
治疗主要是使用青霉素等抗生素进行驱梅治疗。
3.肛门湿疹：
是一种常见的非传染性皮肤病，主要与过敏、局部刺激、精神因素等有关。
主要表现为肛门周围皮肤瘙痒、红斑、丘疹、水疱、糜烂、渗出等。
患者常因搔抓而导致皮肤增厚、粗糙、苔藓样变。
治疗方法包括避免诱因、局部外用药物（如糖皮质激素乳膏、氧化锌软膏等）、口服药物（如抗组胺药、钙剂等）和物理治疗等。
同时，保持肛门局部清洁、干燥，避免过度搔抓和热水烫洗也是重要的。
4.外痔：
是发生在肛门齿状线以下的静脉曲张团块。
主要表现为肛门部肿物、坠胀、疼痛等。
外痔可分为结缔组织外痔、静脉曲张性外痔、血栓性外痔等不同类型。
诊断主要依靠肛门指诊和肛门镜检查。
治疗方法包括保守治疗和手术治疗。保守治疗适用于症状较轻的患者，如改变饮食习惯、保持大便通畅、局部外用药物等；手术治疗适用于症状严重或保守治疗无效的患者。
需要注意的是，以上只是一些常见的可能原因，肛门两侧长小疙瘩还可能有其他原因，如传染性软疣、肛管炎、肛管肿瘤等。因此，如果出现肛门两侧长小疙瘩的症状，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取适当的治疗措施。同时，在就诊前应注意保持肛门局部清洁，避免搔抓和刺激，不要自行用药，以免影响诊断和治疗。