肛门两侧长很多小疙瘩可能是尖锐湿疣、扁平湿疣、肛门湿疹、外痔或其他原因引起，这些疾病的原因、症状和治疗方法各不相同，需要及时就医，明确诊断，以便进行相应的治疗。
肛门两侧长很多小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致，主要通过性接触传播。初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。红色或污灰色。根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积，致有恶臭，且可因搔抓而引起继发感染。本病常无自觉症状，部分病人可出现异物感、痛、痒感或性交痛。直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。
2.扁平湿疣：为二期梅毒的皮肤损害，是梅毒螺旋体经血流或性交传播引起。好发于肛周、外生殖器、会阴、腹股沟及大腿内侧等部位。典型损害为直径1～2cm大小的扁平丘疹，多为圆形或椭圆形，境界清楚，上覆少量鳞屑或痂皮，无明显角化，可有卫星状损害，皮疹数目较多，常密集分布，互不融合，可互相融合成斑块，表面有少许分泌物，可有臭味。自觉症状不明显。
3.肛门湿疹：是肛肠科常见的一种过敏性皮肤病。以瘙痒、有分泌物渗出、皮疹呈多形性、易复发为主要特点。任何年龄的人，均可发生。肛门湿疹的病因较为复杂，过敏和自身免疫因素是发病的主要原因，另外，精神因素、物理因素、内分泌因素、感染因素、遗传因素等也可导致肛门湿疹的发生。肛门湿疹的主要症状为肛门瘙痒，有时可有疼痛，分泌物渗出，皮疹呈多形性，易复发。
4.外痔：外痔位于齿线以下，是由痔外静脉丛曲张或肛缘皱襞皮肤发炎、肥大、结缔组织增生或血栓瘀滞而形成的肿块。外痔表面盖以皮肤，可以看见，不能送入肛内，不易出血，以疼痛和有异物感为主要症状。临床常分为结缔组织外痔、静脉曲张性外痔、炎性外痔和血栓外痔。
5.其他：肛门两侧长很多小疙瘩还可能是其他原因引起，如皮脂腺异位症、传染性软疣、肛管鳞状细胞癌等。
总之，肛门两侧长很多小疙瘩的原因较为复杂，可能是良性疾病，也可能是恶性肿瘤。因此，如果发现肛门两侧长很多小疙瘩，应及时就医，明确诊断，以便进行相应的治疗。