一、胚胎因素
胚胎染色体异常是导致胎停最常见的原因，约占50%~60%，主要为染色体数目异常（如三体、单体等）或结构异常，多数为胚胎自身发育过程中发生的随机错误，与父母染色体异常相关性相对较小，但部分父母染色体平衡易位等也可能传递给胚胎导致异常。
二、母体因素
（一）全身性疾病
严重感染（如孕妇患严重流感、肺炎等）、高热疾病可引起子宫收缩导致胎停；严重贫血或心力衰竭会使胎盘供血不足；慢性肝肾疾病、高血压等可导致胎盘功能受损，影响胚胎营养供应与发育，从而引发胎停。
（二）内分泌异常
1.黄体功能不全：黄体分泌的孕酮不足，不能维持子宫内膜蜕膜化，影响胚胎着床与发育。
2.甲状腺功能减退：甲状腺激素水平异常会干扰胚胎的正常发育进程，如甲状腺素分泌不足可影响胚胎的生长分化。
3.糖尿病：未良好控制血糖时，高血糖环境不利于胚胎发育，可增加胎停风险。
（三）免疫功能异常
1.自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等，体内存在的自身抗体可攻击胎盘组织，影响胎盘的正常功能，阻碍胚胎发育。
2.同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎识别为“异物”进行攻击，导致胎停。
（四）解剖因素
子宫解剖结构异常可影响胚胎着床及发育环境，如子宫畸形（单角子宫、双角子宫等）会使宫腔形态异常，不利于胚胎生长；宫腔粘连会减少宫腔容积，影响胚胎种植；较大的子宫肌瘤（尤其是黏膜下肌瘤）可改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育。
三、父亲因素
精子染色体异常也可能导致胚胎发育异常，从而引发胎停，虽然相对胚胎自身染色体异常占比低，但也是原因之一。
四、环境因素
过多接触放射线（如职业性长期接触高剂量射线）、化学毒物（如苯、甲醛等）等环境因素，可能损伤胚胎细胞的遗传物质或干扰胚胎发育过程，增加胎停发生的几率。