一、对神经系统的益处
（一）提高警觉性与专注力
咖啡中含有的咖啡因是一种中枢神经系统兴奋剂，能阻断腺苷受体，腺苷通常会使人产生困倦感，阻断腺苷受体后，大脑会释放多巴胺等神经递质，从而提高人的警觉性和专注力，有助于人们更高效地进行工作、学习等活动。多项研究表明，适量饮用咖啡（每天3-4杯，每杯约150-200毫升）能使成年人的注意力集中时间延长，反应速度加快。
（二）可能降低某些神经系统疾病风险
帕金森病：有长期的流行病学研究显示，经常饮用咖啡的人群患帕金森病的风险相对较低。例如，一些大规模的队列研究发现，每日饮用咖啡超过3杯的人群，患帕金森病的风险比不饮用咖啡的人群降低了30%-50%。其机制可能与咖啡因对多巴胺能神经元的保护作用有关，多巴胺能神经元的损伤是帕金森病的重要病理基础。
阿尔茨海默病：部分研究提示，咖啡可能对阿尔茨海默病有一定的预防作用。咖啡中的成分可能有助于清除大脑中的β-淀粉样蛋白沉积，而β-淀粉样蛋白沉积是阿尔茨海默病的典型病理特征之一。不过，这方面的研究还在不断深入，目前还不能将咖啡作为预防阿尔茨海默病的单一手段，但适量饮用咖啡可能是综合预防措施的一部分。
二、对心血管系统的益处
（一）改善血管功能
咖啡中的成分可以使血管扩张，改善血管内皮功能。血管内皮细胞能够分泌一氧化氮等物质来调节血管的舒张和收缩，适量饮用咖啡可以促进一氧化氮的释放，从而降低血压，使血管保持良好的弹性和舒张功能。有研究发现，健康成年人单次饮用适量咖啡后，能在一定程度上观察到血管舒张功能的改善，收缩压和舒张压可能会有轻度的短暂下降，但一般不会低于正常范围。
（二）降低某些心血管疾病风险
心脏病：一些长期的随访研究表明，适量饮用咖啡与降低心脏病发作的风险相关。例如，荷兰的一项大型队列研究跟踪了数万名参与者多年，发现适量饮用咖啡（每天3-5杯）的人群，患冠心病等心脏病的风险比不饮用咖啡的人群有所降低。其机制可能与咖啡对血脂、凝血功能等的有利影响有关，咖啡可以轻度降低低密度脂蛋白胆固醇（“坏”胆固醇）水平，同时对血小板的聚集有一定的抑制作用，减少血栓形成的风险。
心力衰竭：有研究显示，长期适量饮用咖啡可能与降低心力衰竭的发生风险有关。心力衰竭患者的心脏功能受损，咖啡中的成分可能通过改善心脏的代谢等途径起到一定的保护作用，但具体机制还需要进一步深入研究。
三、对代谢系统的益处
（一）促进脂肪分解
咖啡因可以刺激肾上腺素的分泌，肾上腺素能促进脂肪细胞中的脂肪分解为游离脂肪酸，然后这些游离脂肪酸可以被身体作为能量来源消耗掉。对于体重正常或有轻度超重的人群，适量饮用咖啡有助于增加能量消耗，辅助控制体重。例如，在运动前饮用适量咖啡，可能会增强运动时脂肪的氧化分解，提高运动的减脂效果。
（二）改善胰岛素敏感性
有研究发现，适量饮用咖啡可能对胰岛素敏感性有一定的改善作用。胰岛素敏感性是指身体对胰岛素的利用效率，改善胰岛素敏感性有助于预防2型糖尿病。一些针对2型糖尿病高危人群的研究显示，长期适量饮用咖啡的人群，患2型糖尿病的风险相对较低。不过，这一作用并不是绝对的，对于已经患有糖尿病的患者，饮用咖啡需要注意与降糖药物等的相互作用，并且要控制好量，因为过量饮用咖啡可能会对血糖产生一些不利影响。
特殊人群需注意的情况
（一）孕妇
孕妇应谨慎饮用咖啡，因为过量摄入咖啡因可能会对胎儿产生不良影响。一般建议孕妇每天咖啡因摄入量不超过200毫克，大约相当于1-2杯普通咖啡（每杯约150毫升）。过量的咖啡因可能会导致胎儿心跳加快、胎动增加，还可能影响胎儿的生长发育，增加流产、早产的风险等。
（二）儿童和青少年
儿童和青少年的神经系统、心血管系统等还在发育阶段，过量饮用咖啡可能会对他们产生不良影响。例如，可能会导致失眠、心跳加快、烦躁不安等问题，还可能影响钙的吸收，对骨骼发育产生一定的潜在影响。一般不建议儿童和青少年饮用咖啡，若有特殊情况需要饮用，也应严格控制量，并且最好选择低咖啡因或无咖啡因的饮品。
（三）有睡眠障碍者
本身有睡眠障碍的人应避免在晚上饮用咖啡，因为咖啡因的半衰期较长，可能会持续数小时影响睡眠。即使是在白天饮用咖啡，也需要根据个人对咖啡因的敏感程度来控制量，以免加重睡眠问题。
（四）有胃肠道疾病者
部分有胃肠道疾病的人，如胃溃疡患者，过量饮用咖啡可能会刺激胃酸分泌，加重胃部不适。因为咖啡因可以促进胃酸的分泌，对于已经存在胃酸过多、胃溃疡等情况的人，需要根据自身胃肠道的耐受情况来饮用咖啡，必要时可以选择低咖啡因或无咖啡因的咖啡，或者在饭后少量饮用。