一、对神经系统的益处
（一）提高警觉性与注意力
咖啡中含有的咖啡因是一种中枢神经系统兴奋剂，能阻断腺苷受体，腺苷通常会使人产生困倦感，阻断后可刺激中枢神经系统，增强大脑皮层的兴奋程度，从而提高警觉性和注意力，有助于人们更高效地进行工作、学习等活动。例如，有研究表明，适量饮用咖啡（每天3-4杯，每杯约150-200毫升）的人在需要集中注意力完成认知任务时，表现更优，错误率相对较低。
（二）可能降低某些神经系统疾病风险
帕金森病：多项流行病学研究发现，长期饮用咖啡的人群患帕金森病的风险低于不饮用咖啡的人群。咖啡中的咖啡因等成分可能通过多种机制发挥神经保护作用，如抗氧化、调节神经递质等。不过，这一关联还需要更多大规模、长期的研究进一步证实，但现有的研究已经为咖啡与帕金森病的关系提供了一定的线索。
阿尔茨海默病：部分研究提示，咖啡可能对阿尔茨海默病有一定的预防作用。其作用机制可能与咖啡中的成分能够影响大脑中淀粉样蛋白的代谢等有关，但目前相关研究仍在不断深入，不能将咖啡视为预防阿尔茨海默病的单一手段，还需结合健康的生活方式等综合预防。
二、对心血管系统的影响
（一）短期改善心血管功能
适量饮用咖啡可在短期内使心率轻度加快，心输出量增加，从而在一定程度上改善心血管的血液供应情况。不过，这种影响因人而异，对于本身心率较快或有心血管基础疾病的人，可能反应更为明显，需要谨慎饮用。
（二）长期可能的益处
降低某些心血管疾病风险：一些观察性研究发现，长期适量饮用咖啡（每天3-5杯）可能与降低冠心病等心血管疾病的风险相关。其机制可能涉及调节血脂、改善血管内皮功能等。例如，咖啡中的某些成分可能有助于降低血液中低密度脂蛋白胆固醇（“坏”胆固醇）的水平，同时改善血管内皮细胞的功能，使其更好地调节血管的舒张和收缩，维持血管的正常功能。但需要注意的是，这并不意味着可以通过大量饮用咖啡来预防心血管疾病，过量饮用咖啡可能会带来其他健康风险。
三、对代谢系统的作用
（一）促进新陈代谢
咖啡中的咖啡因可以刺激交感神经系统，进而促进肾上腺素的释放，肾上腺素能够促进脂肪细胞分解脂肪，增加能量消耗，在一定程度上有助于提高新陈代谢率。对于希望控制体重或辅助减肥的人群，适量饮用咖啡可能有一定的帮助，但这不能替代健康的饮食和运动。
（二）对糖尿病的潜在影响
可能降低2型糖尿病风险：有研究表明，长期饮用咖啡与2型糖尿病风险降低相关。其作用机制可能与咖啡中的成分影响胰岛素的敏感性等有关。不过，对于已经患有糖尿病的人群，饮用咖啡需要注意适量，并且要考虑咖啡中是否添加糖、奶精等情况，因为添加的糖分会影响血糖水平。例如，饮用加糖的咖啡可能会导致血糖在短时间内快速升高，不利于血糖的控制。
四、对消化系统的影响
（一）刺激胃酸分泌
咖啡会刺激胃黏膜分泌胃酸，对于健康人来说，适量饮用一般不会造成严重问题，但对于本身有胃溃疡、胃食管反流病等消化系统疾病的人，过量饮用咖啡可能会加重病情，导致胃痛、反酸等症状加重。
（二）促进胃肠蠕动
一定程度上，咖啡可以促进胃肠蠕动，有助于预防便秘。但同样，过量饮用可能会适得其反，对于胃肠功能较弱的人，需要根据自身情况适量饮用咖啡来维持胃肠的正常蠕动功能。
特殊人群需注意
（一）孕妇
孕妇应谨慎饮用咖啡，因为咖啡因可以通过胎盘进入胎儿体内，可能会影响胎儿的生长发育。一般建议孕妇每天咖啡因摄入量不超过200毫克，过量饮用可能增加流产、低出生体重儿等风险。
（二）儿童和青少年
儿童和青少年的神经系统、心血管系统等还在发育阶段，咖啡因对他们的影响可能更为敏感。过量饮用咖啡可能会导致失眠、烦躁、心率加快等问题，同时也可能影响钙的吸收等，不利于他们的健康成长，所以不建议儿童和青少年大量饮用咖啡。
（三）有睡眠障碍者
由于咖啡中的咖啡因具有提神醒脑的作用，有睡眠障碍的人饮用咖啡可能会加重失眠等问题，应避免在晚上饮用咖啡，并且要根据自身对咖啡因的敏感程度来控制饮用时间和量。
（四）心血管疾病患者
本身患有心血管疾病的人，如冠心病、心律失常等，饮用咖啡需要咨询医生。因为咖啡可能会影响心率和血压等，如果过量饮用可能会加重病情，所以要根据个人的具体病情和医生的建议来决定是否饮用及饮用的量。
总之，适量饮用咖啡可能带来上述一些益处，但过量饮用或不适合的人群饮用可能会产生不良影响，每个人应根据自身的健康状况、对咖啡因的耐受程度等合理饮用咖啡。