药物成分差异
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱差异
红霉素眼膏对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌等有较强抗菌作用，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌等也有一定作用，对支原体、衣原体等也有抑制作用。金霉素眼膏对许多革兰阳性菌及沙眼衣原体等有抗菌作用，对革兰阴性菌中的流感嗜血杆菌等也有一定作用，但对四环素耐药菌的耐药情况与红霉素眼膏有所不同。
适应证差异
红霉素眼膏常用于治疗沙眼、结膜炎、角膜炎等眼部感染性疾病，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。金霉素眼膏可用于治疗细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎等，还可用于治疗沙眼。
不良反应差异
两者都可能引起眼部刺激等不良反应，但具体发生概率和表现可能因个体差异有所不同。一般来说，都需注意用药部位如有烧灼感、瘙痒、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净等。
对于特殊人群，如儿童，使用时需更加谨慎。儿童眼部较为娇嫩，在使用红霉素眼膏或金霉素眼膏时，应在成人监护下使用，且要注意用药的适量和正确方法，避免药物进入眼内引起不适等。孕妇及哺乳期妇女使用时也需要咨询医生，因为药物可能会通过一些途径影响到胎儿或婴儿，需权衡利弊后再决定是否使用。