药物成分方面
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱方面
红霉素眼膏对革兰阳性细菌如金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等有较强的抗菌活性，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌等也有一定作用。金霉素眼膏对革兰阳性菌及沙眼衣原体等有抑制作用。
适应证方面
红霉素眼膏常用于治疗沙眼、结膜炎、角膜炎等眼部感染性疾病，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。金霉素眼膏适用于细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎，也用于治疗沙眼。
不良反应方面
两者都可能引起眼部的刺激症状，如灼烧感、刺痛等，但发生概率等可能有所不同。一般来说，都较为罕见严重的全身不良反应，但长期或大量使用都可能导致眼部菌群失调等情况。
对于特殊人群，如儿童，使用时都需要谨慎，因为儿童的眼部组织较为娇嫩，应在医生指导下使用，避免自行用药导致不良后果。孕妇及哺乳期妇女使用时也需要权衡利弊，在医生评估后决定是否使用，因为药物可能通过眼部吸收等途径对胎儿或婴儿产生影响。