药物成分方面
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。金霉素眼药膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
抗菌谱方面
红霉素眼膏对革兰阳性菌如金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌等有较强的抗菌作用，对部分革兰阴性菌如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定抗菌活性，还对衣原体、支原体等有抑制作用。金霉素眼药膏对许多革兰阳性菌及一些革兰阴性菌均有抗菌作用，对沙眼衣原体等也有一定作用，但由于耐药等问题，其抗菌应用范围相对有一定限制。
适应证方面
红霉素眼膏常用于治疗沙眼、结膜炎、角膜炎等眼部感染性疾病，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。金霉素眼药膏可用于细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎等，也可用于治疗沙眼。
不良反应方面
两者都可能引起眼部刺激症状，如用药后出现眼部烧灼感、瘙痒、红肿等，但相对较少见。不过金霉素眼药膏属于四环素类，长期大量使用可能有全身吸收带来的潜在风险，比如影响儿童骨骼发育等（儿童使用需格外谨慎），而红霉素眼膏相对来说全身不良反应发生几率相对更低，但具体还需根据个体情况。对于老年人，若长期使用也需关注可能的药物相关潜在影响。
特殊人群注意事项
儿童：儿童使用时都需谨慎，金霉素眼药膏因为四环素类可能影响儿童骨骼等发育，应尽量避免长期大量使用；红霉素眼膏相对相对风险稍低，但也需在医生指导下使用，严格按照适应证和用法用量来用，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全成熟，药物代谢等与成人有差异。
老年人：老年人使用时，要注意观察眼部用药后的反应，因为老年人的机体功能有所减退，药物的代谢和耐受等情况与年轻人不同，如出现不适要及时就医评估。
孕妇及哺乳期妇女：孕妇及哺乳期妇女使用时均需咨询医生，权衡利弊后再决定是否使用，因为药物可能通过各种途径影响胎儿或婴儿，需谨慎对待。