成分方面
金霉素眼膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。
抗菌谱方面
金霉素眼膏对多种革兰阳性菌及阴性菌有抗菌作用，对衣原体属、支原体属等也有一定作用。
红霉素眼膏对革兰阳性菌，如金黄色葡萄球菌、链球菌、白喉杆菌等有较强的抗菌活性；对革兰阴性菌中的脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定作用，对支原体、衣原体等也有抑制作用，但对某些金霉素眼膏敏感的革兰阴性菌，红霉素眼膏抗菌活性可能不同。
适应证方面
金霉素眼膏可用于治疗细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎，也用于治疗沙眼。
红霉素眼膏适用于沙眼、结膜炎、角膜炎，也用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。
不良反应方面
金霉素眼膏可能引起眼部刺激，如灼烧感，也可能引起过敏反应等。
红霉素眼膏不良反应较少，偶见眼睛疼痛，视力改变，持续性发红或刺激感等，过敏反应少见。
特殊人群注意事项
儿童：儿童使用时需谨慎，因为低龄儿童眼部使用药物需要特别关注药物吸收及可能的全身影响等情况，应在成人监护下使用。
孕妇及哺乳期妇女：孕妇及哺乳期妇女使用时，需权衡利弊，应在医生指导下使用，因为药物可能通过局部吸收进入体内影响胎儿或婴儿。