打黄体酮三个月后肿痛，可能是药物不良反应，也可能与其他因素有关。可以采取以下措施。
1.就医检查：首先应及时就医，进行详细的身体检查和相关检验，以确定肿痛的具体原因。医生可能会进行妇科检查、B超等检查，以了解子宫、卵巢等情况。
2.调整用药：如果肿痛是由黄体酮引起的药物不良反应，医生可能会调整用药方案。这可能包括减少药物剂量、更换药物或停药一段时间，然后再根据情况逐渐恢复用药。
3.注意休息：在等待就医和调整用药期间，应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。保持身体放松，有助于缓解肿痛症状。
4.热敷或冷敷：可以尝试用热敷或冷敷的方法来缓解肿痛。热敷可以促进血液循环，缓解肌肉紧张；冷敷可以减轻炎症和肿胀。但需注意热敷和冷敷的时间不宜过长，每次约15-20分钟，每天数次即可。
5.饮食调整：保持均衡的饮食对于身体恢复也很重要。可以增加摄入富含维生素C、E和蛋白质的食物，如蔬菜、水果、坚果、鱼类等，有助于提高身体免疫力。
6.心理调适：长期的肿痛可能会给患者带来心理压力，应尽量保持积极的心态。可以通过与家人、朋友交流，参加一些放松的活动，如冥想、瑜伽等来缓解心理压力。
7.遵循医嘱：在治疗过程中，务必遵循医生的建议，按时服药、复诊，并注意药物的副作用和注意事项。如有任何异常情况，应及时告知医生。
需要注意的是，以上建议仅供参考。具体的治疗方法应根据个人情况和医生的建议来确定。如果肿痛持续不缓解或加重，应及时复诊，以便调整治疗方案。