打黄体酮三个月后肿痛，可能与以下因素有关。
1.药物不良反应：黄体酮是一种孕激素类药物，长期使用可能会导致局部组织充血、水肿，从而引起肿痛。这种情况通常是轻微的，会随着停药逐渐缓解。
2.局部刺激：注射黄体酮时，如果操作不当或注射部位不正确，可能会刺激局部组织，引起肿痛。
3.感染：如果注射部位发生感染，也会出现肿痛、发红、发热等症状。
4.其他：乳腺疾病、内分泌失调等也可能导致注射部位肿痛。
如果打黄体酮三个月后肿痛持续不缓解或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
在治疗方面，通常会根据具体情况采取以下措施。
1.停药观察：如果肿痛是由药物不良反应引起，停药后症状可能会逐渐缓解。
2.热敷：可以用热毛巾或热水袋局部热敷，促进血液循环，缓解肿痛。
3.抗感染治疗：如果发生感染，需要使用抗生素进行抗感染治疗。
4.针对病因治疗：如果肿痛是由其他疾病引起，需要针对病因进行治疗。
此外，在使用黄体酮期间，应注意以下事项。
1.按照医生的建议使用药物，不要自行增减剂量或停药。
2.注射时应选择正确的部位和方法，避免感染和损伤。
3.注意注射部位的清洁卫生，避免感染。
4.观察注射部位的情况，如果出现异常应及时就医。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果出现打黄体酮三个月后肿痛的情况，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。