打黄体酮三个月后肿痛，可能与以下原因有关。
1.药物不良反应：黄体酮是一种孕激素类药物，长期使用可能会导致局部组织充血、水肿，从而引起肿痛。这种情况通常是暂时的，停药后会逐渐缓解。
2.局部刺激：如果注射部位不正确、注射速度过快或药物浓度过高，可能会刺激局部组织，引起肿痛。
3.感染：注射部位如果发生感染，也会出现肿痛、发红、发热等症状。
4.其他：乳腺疾病、外伤等也可能导致注射部位肿痛。
如果出现打黄体酮三个月后肿痛的情况，可以采取以下措施。
1.观察：如果肿痛症状较轻，可以先观察一段时间，看是否会自行缓解。
2.热敷：用热毛巾或热水袋热敷注射部位，有助于缓解肿痛。
3.就医：如果肿痛症状持续不缓解或加重，或者出现其他不适症状，如发热、寒战等，应及时就医。医生可能会进行相关检查，如血常规、乳腺超声等，以明确病因，并给予相应的治疗。
需要注意的是，在使用黄体酮期间，应遵医嘱按时用药，不要自行增减剂量或停药。同时，要注意注射部位的清洁卫生，避免感染。如果对药物的不良反应有疑问或担忧，应及时与医生沟通。