打黄体酮三个月后肿痛，可能与以下原因有关。
1.药物刺激：黄体酮是一种孕激素，长期使用可能会刺激局部组织，导致肿痛。
2.过敏反应：少数人可能对黄体酮过敏，注射后会出现过敏反应，如红肿、瘙痒、疼痛等。
3.感染：注射部位如果发生感染，也会出现肿痛。
4.其他：如注射部位不当、个体差异等也可能导致肿痛。
如果出现打黄体酮三个月后肿痛的情况，可以采取以下措施。
1.观察：如果肿痛不严重，可以先观察一段时间，看是否会自行缓解。
2.热敷：用热毛巾或热水袋敷在肿痛部位，每次15-20分钟，每天数次，有助于缓解肿痛。
3.休息：避免剧烈运动和长时间站立，注意休息。
4.就医：如果肿痛持续不缓解或加重，或出现发热、红肿等异常情况，应及时就医，医生可能会建议进行相关检查，如血常规、B超等，以明确原因，并进行相应的治疗。
需要注意的是，在使用黄体酮期间，应遵医嘱按时注射，并注意注射部位的清洁卫生，避免感染。如果对黄体酮或其他药物有过敏史，应提前告知医生。此外，如果肿痛是由其他原因引起的，如感染，可能需要使用抗生素等药物进行治疗。因此，在出现肿痛等异常情况时，应及时就医，以便得到正确的诊断和治疗。