覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗主要覆盖13种常见的肺炎球菌血清型，对婴幼儿等特定人群常见的致病血清型覆盖较好；23价肺炎疫苗覆盖23种血清型，涵盖的血清型更多，但其中部分血清型在婴幼儿中感染率相对较低。
适用人群有别
13价肺炎疫苗主要推荐用于6周龄 - 5岁婴幼儿和未接种过该疫苗的2 - 5岁儿童，因为婴幼儿自身免疫系统尚不完善，13价疫苗能针对性保护他们；23价肺炎疫苗适用于50岁及以上人群、患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）的人群以及免疫功能低下者，这些人群感染肺炎球菌后重症风险相对较高。
免疫应答特点差异
对于2岁以下婴幼儿，13价肺炎疫苗接种后免疫应答相对较好，能更有效地激发免疫反应；而23价肺炎疫苗在成人及老年人中的免疫原性相对稳定，但在婴幼儿中的免疫效果不如13价疫苗理想。
接种程序不同
13价肺炎疫苗常规接种程序是2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若存在免疫功能低下等特殊情况，可在5年后加强1剂。
特殊人群需特别注意，比如婴幼儿接种13价肺炎疫苗时要确保其身体健康，无发热、急性感染等情况；患有慢性疾病的人群接种前需告知医生病情，由医生评估是否适宜接种；老年人接种23价肺炎疫苗时也要关注自身身体状况，接种后需在现场观察一段时间，确保无不适反应。