13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，可预防由13种肺炎球菌血清型引起的感染；23价肺炎疫苗适用于2岁以上特定人群，能预防23种肺炎球菌血清型的感染。
一、覆盖血清型差异
13价肺炎疫苗覆盖13种肺炎球菌血清型，主要针对婴幼儿等低龄人群易感染的血清型；23价肺炎疫苗覆盖23种血清型，涵盖范围更广，但对婴幼儿保护效果相对较弱。
二、适用人群不同
13价肺炎疫苗适用对象为6周龄 - 15月龄婴幼儿、未接种过该疫苗的16月龄 - 5岁儿童；23价肺炎疫苗适用于2岁以上患有慢性疾病（如心脏病、肺病、糖尿病等）者、65岁以上老年人以及免疫力低下人群。
三、接种程序有别
13价肺炎疫苗常规接种程序是2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗一般只需接种1剂，若有需要，5年后可再接种1剂。
四、免疫持续时间差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的免疫持续时间相对23价肺炎疫苗可能有不同特点，13价对婴幼儿早期保护更关键；23价肺炎疫苗在部分人群中免疫持续时间相对有其自身特点，但总体免疫持续时间和保护效果的具体表现因个体差异等因素有所不同。
对于婴幼儿，应按照13价肺炎疫苗接种程序及时接种以获得更好保护；对于2岁以上特定人群，根据自身健康状况等选择合适的肺炎疫苗，如患有慢性疾病的人群可咨询医生后决定是否接种23价肺炎疫苗，老年人也可根据情况接种相应疫苗来降低肺炎球菌感染风险。