覆盖血清型不同
13价肺炎疫苗主要覆盖13种常见的肺炎球菌血清型，对婴幼儿等特定人群常见的致病血清型覆盖较好；23价肺炎疫苗覆盖23种血清型，涵盖的血清型种类更多，但其中部分血清型在婴幼儿中的致病性相对较弱。
适用人群有差异
13价肺炎疫苗主要适用于6周龄 - 5岁婴幼儿和儿童，因为婴幼儿自身免疫系统尚不完善，接种13价肺炎疫苗能更好地预防相关肺炎球菌感染；23价肺炎疫苗适用于2岁以上肺炎球菌感染风险增加的人群，如老年人、患有慢性疾病（如糖尿病、慢性阻塞性肺疾病等）的人群等。
免疫应答特点不同
13价肺炎疫苗采用结合疫苗技术，婴幼儿接种后免疫应答较好；23价肺炎疫苗属于多糖疫苗，一般在2岁以上人群中接种时，免疫应答相对13价肺炎疫苗在婴幼儿中的应答有所不同，且随着年龄增长，免疫应答可能会有变化。
接种程序有别
13价肺炎疫苗常规接种程序为基础免疫在2、4、6月龄各接种一剂，加强免疫在12 - 15月龄接种一剂；23价肺炎疫苗通常只需接种一剂，若需要复种，需根据个体情况等由医生判断。
对于婴幼儿来说，由于其免疫系统发育不完善，接种13价肺炎疫苗更能针对性地预防相关肺炎球菌感染；老年人等有基础疾病的人群，23价肺炎疫苗可能在一定程度上提供保护，但都应在医生评估后根据自身情况选择合适的疫苗。