13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿及儿童，能覆盖13种肺炎球菌血清型，通过主动免疫刺激机体产生抗体来预防相关肺炎球菌感染；23价肺炎疫苗适合2岁以上特定人群，像老年人、慢性病患者等，可覆盖23种肺炎球菌血清型，对相应肺炎球菌感染有预防作用。
接种适用人群不同
13价肺炎疫苗适用对象是6周龄 - 15月龄婴幼儿，还有未接种过且年龄≥65岁的成人。23价肺炎疫苗适用人群为2岁以上患有慢性疾病（如心血管疾病、慢性肺病、糖尿病等）者、老年人以及免疫功能低下者等。
抗原覆盖范围有别
13价肺炎疫苗包含13种常见肺炎球菌血清型，对婴幼儿常见且致病力强的血清型覆盖较好。23价肺炎疫苗覆盖23种肺炎球菌血清型，覆盖血清型范围更广，但对婴幼儿保护效果相对13价疫苗稍弱。
接种程序有差异
13价肺炎疫苗基础免疫通常在2、4、6月龄各接种一剂，加强免疫在12 - 15月龄接种一剂；23价肺炎疫苗一般只需接种一剂，若有需要，5年后可再接种一剂。
免疫持久性有不同表现
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的免疫应答较为持久，能为婴幼儿提供长期保护。23价肺炎疫苗对于一些人群的免疫持久性相对13价疫苗可能稍短，且随着年龄增长，免疫反应可能会有所减弱。对于老年人等特定人群，需关注其免疫状态来考虑接种间隔等情况。婴幼儿免疫系统尚不完善，接种13价肺炎疫苗能更好构建早期防护；老年人等慢性病患者接种23价肺炎疫苗可降低肺炎球菌感染风险，但要依据自身健康状况评估接种时机。