13价肺炎疫苗主要针对2岁以下婴幼儿等特定人群，能覆盖13种肺炎球菌血清型；23价肺炎疫苗适合2岁以上特定人群，覆盖23种肺炎球菌血清型。
覆盖血清型差异
13价肺炎疫苗覆盖的血清型相对较少，但多是婴幼儿易感染的常见且致病力强的血清型；23价肺炎疫苗覆盖血清型更多，能涵盖多种不同的肺炎球菌血清型。
适用人群不同
13价肺炎疫苗主要用于6周龄 - 5岁婴幼儿和未接种过该疫苗的2 - 5岁儿童；23价肺炎疫苗适用于2岁以上肺炎球菌性疾病高危人群（如慢性疾病患者等）以及2岁以上易感人群。
免疫程序有别
13价肺炎疫苗一般需要接种4剂，在2、4、6月龄进行基础免疫，12 - 15月龄加强免疫；23价肺炎疫苗通常只需接种1剂，若有需要，5年后可再接种1剂。
免疫效果持续时长有差异
13价肺炎疫苗在婴幼儿体内产生的免疫应答持续时间等情况有其特点；23价肺炎疫苗的免疫效果持续时长也有自身的特性，不过总体而言，13价肺炎疫苗对于婴幼儿等特定人群的免疫保护在一些方面有其优势体现。对于特殊人群如患有慢性疾病的老年人等，选择疫苗时需根据自身情况，在医生指导下进行，以更好地预防肺炎球菌感染相关疾病。