卵巢两侧痛隐隐作痛可能由多种原因引起，以下是一些可能的原因和建议：
1.排卵性腹痛：为育龄期女性的常见现象，多发生在两次月经中间，往往是一侧卵巢排卵，另一侧卵巢排卵后也会出现类似的情况。通常在下次月经来潮前14天左右排卵，可伴有一侧下腹部疼痛，可持续3-4日。这种腹痛是由于排卵时卵泡破裂以及排卵后卵泡液对腹膜的刺激引起的，属于生理性腹痛，一般不需要特殊处理。
2.盆腔炎性疾病：多发生在性活跃期的妇女，若有下生殖道感染，如淋病奈瑟菌性子宫颈炎、沙眼衣原体性子宫颈炎或内源性病原体感染，或曾行宫腔操作，如刮宫术、输卵管通液术等，或下腹部手术，经期卫生不良等，都可引起盆腔炎性疾病。患者除了卵巢两侧痛隐隐作痛外，还可能伴有阴道分泌物增多、发热等症状。治疗上主要选用抗生素药物，必要时手术治疗。
3.卵巢肿瘤：卵巢肿瘤可发生蒂扭转，从而引起卵巢两侧痛隐隐作痛，还可能伴有恶心、呕吐等症状。卵巢肿瘤的蒂由骨盆漏斗韧带、卵巢固有韧带和输卵管组成。发生急性扭转后，因静脉回流受阻，瘤内充血或血管破裂致使瘤内出血，导致瘤体急剧增大，瘤内出血是卵巢肿瘤蒂扭转的主要原因。一经确诊后，应立即手术治疗。
4.异位妊娠：指受精卵在子宫体腔以外着床，以输卵管妊娠最常见。患者除了卵巢两侧痛隐隐作痛外，还可能伴有阴道流血、晕厥与休克等症状。一经确诊，应尽早手术治疗。
如果卵巢两侧痛隐隐作痛持续时间较长或伴有其他症状，建议及时就医，以明确病因，并进行相应的治疗。