月经干净后肚子痛，可能与以下因素有关：
1.排卵性腹痛：月经干净后7~8天，下腹疼痛，呈一侧性，可持续1~2天，多为排卵引起。一般不需要处理，但要注意保暖，少吃辛辣、生冷食物。
2.子宫内膜异位症：有继发性、渐进性痛经，月经干净后1~2天，便开始腹痛，下腹、腰骶部、大腿内侧痛，常伴有肛门坠胀感。疼痛一般持续到月经来潮。如果是子宫内膜异位症引起的腹痛，需要及时就医，进行药物或手术治疗。
3.慢性盆腔炎：下腹隐痛、坠胀、疼痛及腰骶部酸痛，常在劳累、性交后及月经前后加剧。需要在医生的指导下，使用抗生素、中药等进行治疗。
4.其他：子宫肌瘤、子宫腺肌症等也可能导致月经干净后肚子痛。
如果月经干净后肚子痛持续时间较长、疼痛剧烈，或伴有其他不适症状，如发热、恶心、呕吐、腹泻等，应及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，要注意经期卫生，避免过度劳累和剧烈运动，保持心情舒畅。