月经干净后小腹隐痛可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因和建议：
1.排卵痛：在月经干净后，女性可能会进入排卵期，此时卵巢会排卵，卵子排出可能会导致一侧下腹部疼痛，通常持续1-2天，可伴有阴道分泌物增多、基础体温上升等症状。这是正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.妇科炎症：如盆腔炎、宫颈炎、子宫内膜炎等，可能导致月经干净后小腹隐痛，还可能伴有白带异常、异味、性交痛等症状。建议及时就医，进行妇科检查、白带常规、B超等检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。
3.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，可能导致月经干净后小腹隐痛，还可能伴有痛经、性交痛、月经异常等症状。建议及时就医，进行腹腔镜检查、CA125测定等检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。
4.其他：子宫肌瘤、卵巢囊肿、肠道疾病等也可能导致月经干净后小腹隐痛。建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。
总之，月经干净后小腹隐痛可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。如果疼痛持续时间较长、程度较重、伴有其他不适症状，应及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。同时，建议女性在日常生活中注意个人卫生，保持良好的生活习惯，避免过度劳累、精神紧张等。