结肠炎的治疗药物需根据类型选择，常见的有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。一般来说，氨基水杨酸制剂中的美沙拉秦是常用药物之一，适用于轻中度结肠炎。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉秦： 可以作用于结肠炎症黏膜，抑制引起炎症的前列腺素合成和炎症介质白三烯的形成，从而减轻炎症反应。适用于溃疡性结肠炎的活动期治疗，能缓解腹痛、腹泻等症状。柳氮磺吡啶： 是治疗结肠炎的传统药物，口服后大部分到达结肠，在肠道细菌作用下分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶。5-氨基水杨酸起抗炎作用，磺胺吡啶有一定副作用，如可能引起胃肠道不适等。
糖皮质激素类药物
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可使用。它具有强大的抗炎作用，能迅速缓解症状，但长期使用可能会有较多副作用，如导致骨质疏松、免疫力下降等，所以一般在病情严重时短期使用。氢化可的松： 可用于急性发作期的重症结肠炎患者，常通过静脉给药的方式，快速发挥抗炎等作用来控制病情，但同样需要注意长期使用的不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效较慢，一般需数周甚至数月才能看到明显效果，而且可能会引起骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于结肠炎的治疗，尤其适用于一些对其他药物反应不佳的患者，但也存在可能导致血液系统异常等风险，使用时要密切观察。
生物制剂类药物
英夫利西单抗： 对于重度难治性结肠炎有一定疗效，它是一种抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，通过特异性结合肿瘤坏死因子α，阻断其与受体的结合，从而发挥抗炎作用。但这类药物价格相对较高，且可能会增加感染等风险，使用前需要进行严格评估。