治疗结肠炎常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。氨基水杨酸制剂中柳氮磺吡啶较为常用，一般来说轻中度结肠炎可考虑使用这类药物。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪： 有口服制剂也有栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪能作用于肠道炎症部位，抑制炎症介质的产生。例如轻中度溃疡性结肠炎患者可口服美沙拉嗪，一般需要按疗程服用。局部剂型如美沙拉嗪栓剂适用于直肠炎患者，通过直肠给药直接作用于直肠炎症部位。奥沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂的一种，同样可用于治疗结肠炎，尤其对溃疡性结肠炎有一定疗效，能缓解腹泻、腹痛等症状。
糖皮质激素
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于中重度结肠炎患者，当氨基水杨酸制剂疗效不佳时可考虑使用。不过糖皮质激素有较多副作用，比如长期使用可能会导致骨质疏松、免疫力下降等，所以使用时需要严格掌握适应证和剂量，并且要密切监测不良反应。氢化可的松： 也可用于结肠炎的治疗，一般通过静脉给药等方式，适用于病情较重、急性发作的结肠炎患者，但同样需要注意其可能引发的如血糖升高、消化道溃疡等副作用。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 对于一些慢性反复发作的结肠炎患者，在使用氨基水杨酸制剂和糖皮质激素疗效不佳时可加用免疫抑制剂。它可以抑制免疫系统的过度反应，起到调节免疫的作用，但这类药物起效相对较慢，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药过程中需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于结肠炎的治疗，尤其适用于对其他药物治疗效果不佳的患者，使用时同样要关注其可能带来的血液系统等方面的不良反应。在治疗结肠炎用药时，需要根据患者的具体病情，如结肠炎的类型（是溃疡性结肠炎还是克罗恩病等）、病情的严重程度等来选择合适的药物。同时，患者在用药过程中要遵循医生的指导，不要自行增减药量或停药，并且要注意观察药物的不良反应，如有不适及时就医。