治疗结肠炎的药物需根据病情类型选择，常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，一般适用于轻中度的溃疡性结肠炎，能抑制炎症反应。还有糖皮质激素，如泼尼松，对于重度的结肠炎发作期有较好的抗炎作用，但长期使用可能会有一些副作用，比如骨质疏松等。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是治疗轻中度溃疡性结肠炎的常用药，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，相对副作用可能小一些，能局部作用于肠道炎症部位，减轻炎症反应，可用于轻中度结肠炎的治疗。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于中效糖皮质激素，对于重度结肠炎急性发作期有快速抗炎的效果，能迅速缓解腹痛、腹泻等症状。氢化可的松： 属于短效糖皮质激素，可用于病情较重且口服激素效果不佳的情况，一般通过静脉给药，但长期使用同样需注意其不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的结肠炎患者，它能抑制免疫系统的异常反应。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，可用于慢性结肠炎的维持治疗，但用药过程中需要定期监测血常规等指标，因为可能会有骨髓抑制等副作用。
生物制剂类药物
英夫利西单抗： 是一种抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，对于重度难治性结肠炎有较好的疗效，需要通过静脉输注给药，但价格相对较高，且可能会有感染等风险。阿达木单抗： 也是生物制剂，同样可用于一些难治性结肠炎的治疗，皮下注射给药，使用时也需关注感染等不良反应。