治疗结肠炎常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。例如氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，一般能在一定程度上缓解结肠炎症状。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻、中度溃疡性结肠炎的治疗，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸能抑制炎症介质的产生。美沙拉嗪： 也属于此类药物，不良反应相对柳氮磺吡啶较少，对于轻、中度的结肠炎有较好的疗效，可局部作用于肠道炎症部位，减轻炎症反应。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度结肠炎患者适用。它通过抑制免疫反应等多种机制来减轻炎症，但长期使用可能会有一些副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松： 也可用于结肠炎的治疗，一般通过静脉给药等方式，能快速减轻炎症症状，但同样需要注意其可能带来的副作用，像血糖升高、消化道溃疡等风险。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者。它可以抑制免疫系统的活性，从而减轻肠道炎症，但起效相对较慢，一般需要服用数月才能看到明显效果，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于结肠炎的治疗，在使用过程中同样要关注药物的不良反应，如肝功能损害等情况。