月经长时间不干净的原因包括：
一、青春期功血：处于青春期时，由于下丘脑-垂体-卵巢轴尚未完全成熟，调节功能不完善，可能会出现长时间不来月经，或者来一次月经后出现淋漓不尽、难以干净的情况，即所谓的青春期功血。这是因为该轴系对月经周期的调控还不够稳定和精确。
二、宫颈病变：如患有慢性宫颈炎或存在宫颈息肉等情况，在月经期就容易出现出血时间延长且不干净、淋漓不尽的症状。慢性宫颈炎可能导致宫颈组织的炎症反应，影响月经的正常排出；而宫颈息肉则可能直接影响宫颈处的血液流出情况。
三、子宫内膜病变：这是导致月经长时间不干净的一个极为重要的原因。常见的子宫内膜病变有子宫内膜增生和内膜息肉。子宫内膜增生会使内膜的厚度和形态发生改变，从而影响月经的正常表现；内膜息肉则会对子宫内膜的脱落和出血产生干扰。而且如果这些病变持续时间较长，还容易引发子宫内膜的癌前病变，甚至发展为子宫内膜癌，都会造成月经长时间不干净。
四、内分泌失调：像多囊卵巢综合征以及黄体萎缩不全等内分泌问题，都会导致月经长时间不干净。多囊卵巢综合征会影响体内激素的平衡，进而对月经产生不利影响；黄体萎缩不全则会使子宫内膜不规则脱落，导致月经异常。
五、剖宫产手术的女性：如果是经历过剖宫产手术的女性，由于子宫下段切口愈合不佳，形成凹陷，每个月这个部位的子宫内膜脱落不完全，就会出现月经长时间不干净的现象，这种情况被称为子宫憩室。
总之，当月经长时间不干净时，需要综合考虑宫颈、子宫内膜、内分泌以及是否有剖宫产病史等多方面因素进行深入分析和逐一排查，以准确找出原因并采取相应的治疗措施。