肾囊肿发病原因目前尚不十分明确，一般认为可能与多种因素有关。比如先天性发育异常，在胚胎发育过程中，肾小管发育异常可能导致肾囊肿形成，有研究发现约10%的肾囊肿患者有家族遗传倾向。
一、先天性发育异常因素
肾小管憩室发展而来：在胚胎时期，肾小管会形成一些憩室，随着年龄增长，这些憩室有可能逐渐扩大形成囊肿。一般在成年后，这种因肾小管憩室发展成肾囊肿的情况会逐渐显现，大约有一定比例的肾囊肿是由此原因导致。遗传因素相关：部分肾囊肿具有遗传性，像常染色体显性多囊肾病就是一种常见的遗传性肾囊肿疾病，它是由基因缺陷引起的，患者家族中往往有多人患病，其遗传方式为常染色体显性遗传，子女有50%的概率遗传到致病基因而发病。
二、年龄相关因素
中老年高发：随着年龄增长，肾囊肿的发生率会逐渐升高。在50岁以上的人群中，通过超声等检查手段发现肾囊肿的比例明显增加，有数据显示50岁以上人群中约有50%的人可能存在不同程度的肾囊肿。这是因为随着年龄增加，肾脏的结构和功能会发生一些退变，肾小管等结构更容易出现异常，从而增加肾囊肿形成的几率。
三、其他可能因素
感染因素影响：肾脏感染可能会对肾脏组织产生一定刺激，影响肾脏的正常代谢和结构，从而增加肾囊肿发生的风险。比如反复的泌尿系统感染，长时间炎症刺激肾脏，可能干扰肾小管等的正常功能，使得肾囊肿更容易形成。不良生活方式：长期不健康的生活方式也可能与肾囊肿发病有关。例如长期大量吸烟的人，烟草中的有害物质可能会影响肾脏的血液循环和细胞代谢，增加肾脏出现异常的可能性，进而促进肾囊肿的形成；还有长期高盐饮食的人，会加重肾脏的负担，影响肾脏的内环境稳定，也可能对肾囊肿的发病有一定影响。